CS-Cartのソースコードをカスタマイズすることはできますか？

はい。可能です。

CS-Cartのほとんどのソースコードは暗号化されていませんので、自由に修正することができます。
ただし、ソースコードの修正はお客様ごご自身の責任のもとに実施してください。
お客様もしくはサードパーティによるカスタマイズに起因する不具合について、cs-cart.comおよびcs-cart.jpは一切の責任を負いかねます。
※ CS-Cart開発パートナー 各社にカスタマイズを依頼することも可能です。